湘西土家族苗族自治州人民检察院的前身是湘西苗族自治区人民检察署，于1953年4月建立，1955年3月更名为湘西苗族自治州人民检察院，1957年9月随着湘西土家族苗族自治州的成立而更为现名。1954——1955年，全州所辖各县相继建立人民检察院。

1967年8月至1978年8月，受“ 文化大革命”运动影响，湘西自治州检察机关被撤销。1978年下半年重建州、县两级检察机关。

湘西州院重建以来，检察业务工作逐步发展，内设机构相应完善，到2020年9月份内设机构改革后，全院共有16个内设机构，即办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、第六检察部、第七检察部、第八检察部、法律政策研究室、案件管理办公室、检务督察部、检察技术部、计划财务装备部、政治部（下设干部科、宣传教育科）（司法警察支队）、机关党委。共有检察专项编制93名，院领导配检察长1人、副检察长4人、纪检组长和政治部主任各1人。

湘西州院下辖8个基层检察院，即吉首市、泸溪县、凤凰县、古丈县、花垣县、保靖县、永顺县和龙山县检察院。